1、遗传因素：部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。

2、感染和损伤：怀孕初期（2个月左右）的妈妈感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。

3、孕妈妈怀孕期间患有如贫血、糖尿病、严重营养障碍等慢性疾病。

4、怀孕期间服用某些药物：如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。

5、怀孕期间妈妈接受过大剂量X线照射。

6、在实验动物研究中发现小鼠缺乏维生素A、维生素B及泛酸、叶酸等食物成分时，可以产生包括F裂在内的各种崎形。有人曾调查生过唇腭裂患儿的母亲，有的在怀孕早期因妊娠性呕吐或偏食而有明显的钙、磷、铁及维生素B、维生素C、维生素D等缺乏的情况。所以妊娠早期的营养缺乏可能是发病诱因之一。